Tout commence dans un laboratoire de recherche où des gardes se font découper du regard par une jeune femme solidement attachée. Ceux-ci éliminés, la détenue se défait de ses liens et se dirige calmement vers la porte en chantonnant. L'alarme est donnée, des vigiles ouvrent le feu sur la femme dont les bales ne l'atteignent pas. Tous ces gardiens sont déchiquetés à son approche. Kurama, le directeur encadré de gardes, la somme de s'arrêter. Mais elle tue tout le monde en toute quiétude et toujours sans bouger : tous sauf le directeur. On apprend de l'épargné que la fugitive se nomme Lucy. Elle se dirige vers le bord de la falaise. Arrivée au bord, Kurama ordonne à un vigile armé d'un puissant fusil de la tuer avant qu'elle ne s'échappe. Mais le coup de feu ne fait que la blesser et la propulse dans la mer.
Le lendemain la femme est découverte sur la plage par Kouta, un jeune homme revenant habiter dans sa ville natale, accompagné de sa cousine Yuka qu'il n'avait pas vue depuis longtemps : en effet ils se sont séparés à l'âge de 5 ans après la mort de la sœur de Kouta. Ils essayent d'entrer en contact avec la fugitive mais contre toute attente elle ne les tue pas. Au contraire elle se met à pleurer après avoir trébuché. Apparemment elle a perdu la mémoire sûrement à cause du coup de feu, le seul qui l'ait blessée. La voilà inoffensive et le seul mot qui sort de sa bouche est « nyuu ». Alors Kouta et Yuka décident de l'appeler Nyu. Ils remarquent qu'elle porte deux petites cornes sur la tête c'est la marque des « diclonius » : êtres à deux cornes en latin. Ils ont la faculté de contrôler mentalement des bras invisibles appelés « vecteurs » qui détiennent une force incroyable mais Kouta et Yuka n'en savent rien et décident de la ramener dans leur nouvelle résidence. On remarque que Nyu n'a rien à voir avec la Lucy d'avant. C'est une jeune femme très gentille et perdue. Elle fait un peu n'importe quoi avec la naïveté du bébé qui découvre la vie. Le directeur Kurama furieux de la fuite de Lucy ordonne à la SAT, groupe d'intervention armé, de la pourchasser et de la tuer. Bandou : un agent surentraîné, avide de tuerie, en fait partie…
Kôta
Chihiro Suzuki
Yuka
Mamiko Noto
Nyuu/Lucy
Sanae Kobayashi
Directeur Kurama
Osamu Hosoi
Mayu
Emiko Hagiwara
Nana
Yuki Matsuoka
Bandô
Jouji Nakata
Mariko
Directeur Kakuzawa
Hiroaki Hirata
Shirokawa
Hitomi Nabatame