Japon, de nos jours: Shiki Tohno, jeune lycéen, se prépare à déménager chez lui. En effet, il a eu un accident qui est survenu dans sa jeunesse. Ceci fait qu'il a longtemps vécu séparé de sa famille, hébergé par un parent lointain. Cet accident lui a aussi apporté une faculté unique : il peut voir les lignes de vie : chaque objet ou être vivant est parcouru par ces lignes. En les suivant avec un couteau, il peut donc détruire ou tuer sa cible.
Un jour, il doit rentrer au domicile familial, son père est décédé. Il est donc rappelé par sa soeur Akiha alors seule héritière. La, plusieurs événement surviennent : il récupère un couteau que son père lui aurait offert, jadis ensuite l'apparition de Ciel : une élève plus âgée que ses deux amis, Inui et Satsuki, qui semblent pourtant connaître depuis longtemps enfin le coup de folie lors de son retour : alors qu'il voit une femme européenne dans un parc, il se saisit de son couteau et la découpe en plusieurs morceaux.
A son réveil, Shiki se retrouve au manoir familial. Une domestique, Kohaku, lui apprend qu'il a été retrouvé seul inconscient dans le parc. Il rencontre alors la seconde servante, la jumelle de la première, Hisui. Plusieurs flashs infos l’informe qu'un tueur rôde en ville, ses méthodes s'apparenteraient à celles d'un vampire. A partir de ce moment, Shiki se mettra à douter de ses facultés et de sa perte de conscience, ses rêves sur son passé s'intensifient. D'autant plus que rentrant chez lui, la femme qu'il a tuée apparaît devant lui et souhaite lui parler. Celle-ci lui apprend qu'il l'a coupé en 17 morceaux. En entendant ça, Shiki s'enfuit au plus vite, pour se réfugier dans son école...
Arcueid Brunestud
Hitomi Nabatame
Shiki Tohno
Kenichi Suzumura
Aoko Aozaki
Akiko Kimura
Ciel
Fumiko Orikasa
Roa
Hiroyuki Yoshino
Kohaku
Kana Ueda
Satsuki Yumizuka
Kaori Tanaka
Nero Chaos
Kenta Miyake
Akiha Tohno
Shizuka Itou
Hisui
Yumi Kakazu