Nous sommes plongés dans un monde où l'alchimie est considérée comme une science. Les personnes ayant appris la technique peuvent l'utiliser en toute légalité pour transformer des objets en un instant. Qui dit légalité, dit lois. La plus importante d'entre elles est l'interdiction formelle de transmuter un être humain. Des alchimistes servant l'armée, appelés « Alchimistes nationaux », veillent à ce que ces lois soient respectées.
Edward et Alphonse Elric, deux jeunes garçons d'une quinzaine d'années ont enfreint cette loi étant petits. Ils l'ont fait car leur mère après être tombée gravement malade, est morte. A la suite de cette transmutation Edward a perdu son bras droit et sa jambe gauche et Alphonse son corps tout entier. Mais son âme a été transférée dans une armure par Edward.
Le lieutenant colonel Roy Mustang, un « Alchimiste national », était présent ce jour là . Il est venu car il a reçu une lettre de la part d'Edward qui était à la recherche de son père Hoenheim disparu depuis très longtemps. Justement ce lieutenant colonel est lui aussi à sa recherche. Mais après avoir vu le délit des deux jeunes, il tente de les recruter au lieu de les arrêter.
Le lendemain Edward est déterminé à devenir un « Alchimiste national » non pas pour servir son pays mais pour lui permettre d'accéder à des livres que seuls les alchimistes nationaux peuvent atteindre. Car il a la ferme intention de redonner un corps de chair et de sang à son frère et reconstituer pour lui un bras et une jambe. Mais il a toujours l'idée d'enfreindre cette loi à nouveau pour recréer sa mère. Durant ses recherches il découvre un élément crucial qui lui permettra cela : la Pierre Philosophale.
Edward Elric
Romi Paku
Alphonse Elric
Rie Kugimiya
Winry Rockbell
Megumi Toyoguchi
Roy Mustang
Toru Ohkawa
M. Scar
Ryotaro Okiayu
Lust
Yuuko Satou
Gluttony
Yasuhiro Takato
Envy
Mayumi Yamaguchi
Juliet Douglas/Sloth
Yoshino Takamori
Wrath
Nana Mizuki